La presenza di vita sulla penisoletta di Augusta è possibile già dalla preistoria, limitata sempre ad un piccolo villaggio. Si parla di Augusta come città solamente dopo il 1232, possibile data di fondazione della città da parte di Federico II di Svevia. Egli per indicare la sua autorità sugli abitanti (si dice deportati da Monalbano e Centuripe) costruì un grosso castello su un promontorio di circa 30 m nella parte nord. Alla morte dell'ultimo imperatore svevo, Augusta, sede di un castello, venne occupata dagli Angioini. Gli abitanti combatterono nei Vespri siciliani e già nel 1282 sul castello sventolava la bandiera Aragonese, dominio che durerà per quattro secoli.

Nel 1326 Augusta divenne feudale sotto il possesso di Guglielmo Raimondo II Moncada, il primo dei ventiquattro conti del territorio di Augusta. Passati due secoli come città feudale, Augusta tornò al demanio nel 1560, dopo che il re, viste l'insufficiente difesa che i conti avevano provveduto durante le invasioni turche del 1551, 1552, 1553 e 1560, decise di provvedere personalmente alla difesa della città. Avvennero infatti tutte dopo il 1560 i primi interventi di fortificazione: dal taglio dell'istmo alla costruzione di bastioni e dei forti Garcia, Vittoria e Avalos. Ma nonostante ciò i turchi continuarono ad attaccare, e nel 1594 avvenne il miracolo. San Domenico, particolarmente venerato nella città perché fu il primo ordine religioso ad arrivare, apparve i cielo e mise fuga i turchi. Questo dice la leggenda; in verità molto probabilmente si trattava di domenicani, che già anni prima vennero autorizzati a tenere armi per difesa.

Il XVII secolo si rivela fiorente per Augusta anche per l'arrivo dell'ordine dei Cavalieri di Malta che qui costruirono un grande forno per la produzione di biscotti intorno la metà del secolo. Nel 1675 il porto fu campo della Battaglia d'Agosta tra Spagnoli e Francesi, che vide la vittoria di quest'ultimi che però abbandonarono pochi anni dopo il castello. Ma il 9 e l'11 gennaio del 1693 la città venne rasa al suolo dal terremoto. Nonostante ciò in pochissimi anni la città si risollevò e venne pure elevata alla dignità senatoria. Dopo ciò Augusta iniziò un lento declino, dal passaggio ai Borboni fino all'unità d'Italia, e concludere con la costruzione nel 1890 del penitenziario sull'antico castello fridericiano.

Ma agli inizi del '900 per la collocazione strategica del porto poco fuori la città nel 1918 venne costruito un enorme hangar per dirigibili in cemento armato. E poi sulla costa al di sotto dell'hangar, prima della seconda guerra mondiale, un idroscalo. Nel 1943 subì un bombardamento che causò molti morti.

Ma Augusta si risollevò anche grazie all'istallazione nel 1949 della prima raffineria petrolifera. Dopo pochi anni la costruzione venne seguita da molte altre per arrivare alla selvaggia industrializzazione della costa megarese negli anni '80 del XX secolo. Ancora ora molta dell'economia di Augusta, in passato fondata sulla pesca, sull'agricoltura e sulla produzione di sale dalle grandi saline, è basata sulle industrie petrolchimiche.