Un primo nucleo urbano fu fondato nel 1678 dal Marchese Mario Danieli nel territorio della sua baronia. L'originario nucleo urbano ebbe un notevole incremento demografico dopo il terremoto del 1693 a seguito dell'arrivo di numerose famiglie provenienti dalla distrutta Noto. Il suo nome deriva dall'arabo Ayn-at-tin (Sorgente del fango), l'appositivo "Bagni" non indica la presenza di terme, ma l'appartenenza del territorio ai marchesi Danieli, signori del feudo di Bagni.
Il luogo era comunque frequentato sin dai tempi antichi come dimostrato dalla presenza di tompe preistoriche e cristiane a Nord dell'abitato in Contrada S. Alfano e in Contrada Martino. A circa 4 km a sud dell'abitato, in Contrada Olivella sono presenti necropoli bizantine di Cozzo Guardiole e di S. Elama costituite da circa 70 tombe del V-VII secolo
Nel periodo tra le due guerre mondiali e fino agli anni 50 del dopo guerra, grazie all'opera di ottimi scalpellini, l'edilizia del luogo è arricchita da originali decorazioni liberty, realizzate con le pietre delle vicine cave. Eè possibile vedere esempi di liberty in molte vie con particolare riguardo alle vie Umberto Vittorio Emanuele e Via Umberto.